Para desarrollar sus funciones, la UEE contará con la siguiente estructura orgánica:

Dicha estructura orgánica incluye áreas de trabajo predefinidas con personal adscrito y especializado, con Consejos Consultivo y Académico y con personal por obra determinada que apoyarán sus actividades. Además, contará con el apoyo de personal del SEE que funcionará como enlace para coordinar las actividades o que se involucrará en las acciones de diseño, desarrollo y evaluación de las pruebas.